Program Studi Magister Biologi (PSMBIO) Unsyiah berdiri pada tahun 2014, dengan payung hukumnya, Surat Keputusan Menteri Pendidikan dan Kebudayaan Republik Indonesia Nomor 059/P/2014 tentang Izin Penyelenggaraan Program Studi Biologi, Program Magister (S-2) pada Universitas Syiah Kuala di Banda Aceh, tanggal 27 Februari 2014. Keberhasilan pembukaan Program Studi Magister Biologi sesuai dengan renstra Program Studi Sarjana Biologi yang bertekad untuk mengembangkan ilmu biologi dan sumber daya manusia. Oleh karena itu, pendirian PSMBIO merupakan salah satu upaya menghasilkan sumber daya manusia yang mampu menjaga, mengelola dan mengembangkan potensi kekayaan keragaman hayati yang terdapat di Aceh khususnya dan Indonesia umumnya.